25 октября 1995 года в здании на Можайке проведена первая операция.

30 декабря 1995 года. Стационар Центра насчитывает 120 коек. Работают следующие отделения: ЧЛХ, поликлиническое с двумя стоматологическими кабинетами, нейрохирургическое, психоневрологии, физиотерапии, стерилизации, реанимации на 8 коек, клинико-диагностическая лаборатория. 2 операционных блока расположены на 3-ем этаже.

30 декабря 1996 года. В течение года в НПЦ внедрен фармакомониторинг с определением концентрации противосудорожных препаратов в плазме крови. Состоялось внедрение метода терапевтического лекарственного мониторинга АЭП. В Центре установлен современный УЗИ аппарат.

20 декабря 1997 года. В "Экспресс-газете" №50 (156) напечатан большой материал о деятельности Научно-практического центра медицинской помощи детям.

30 декабря 1997 года. В этом году стоматологический кабинет получил новое оборудование.

17 марта 1998 года. Постановление Правительства Москвы № 181-ПП «Об укреплении материально-технической базы Научно-практического центра медицинской помощи детям с пороками развития черепно-лицевой области и врожденными заболеваниями нервной системы Комитета здравоохранения г. Москвы».

4-5 июня 1998 года в НПЦ прошёл 2-й Международный симпозиум «Актуальные проблемы детской черепно-лицевой хирургии и нейропатологии».

30 ноября 1998 года Правительством Москвы принято решение о строительстве нового здания НПЦ.

26 декабря 2000 года. Постановление Правительства Москвы № 1021-ПП «О реализации инвестиционного проекта по строительству жилого дома на территории НПЦ медицинской помощи детям

29 декабря 1998 года. Здания бывшего комплекса профилактория ОАО "Красный Богатырь" по адресу: ул. Богатырский мост, д. 17, стр. 1 и 2 общей площадью 2832,7 кв. м (Восточный административный округ) переданы НПЦ в оперативное управление

21 мая 1999 года Притыко Андрею Георгиевичу, директору Научно-практического центра медицинской помощи детям с пороками развития черепно-лицевой области и врожденными заболеваниями нервной системы присуждена Премия Правительства Москвы за 1998 год за научную работу "Применение современных технических средств в лечении гемангиом у детей".

30 декабря 1999 года. В этом году: - Неврологической службой освоено применение ТПА в комплексном лечении резистентной эпилепсии. - Состоялась поездка медицинских специалистов Центра в детский госпиталь Утрехта (Бельгия).

23-24 ноября 2000 года в НПЦ медицинской помощи детям состоялся III Международный симпозиум черепно-челюстно-лицевых хирургов «Передовые технологии на стыке веков»,

Ноябрь. Генподрядчик ОАО «МонАрх» приступил к строительству нового здания. – Сокращены предусмотренные первоначальным проектом сроки строительства с 48 месяцев до 32.

10 июля 2002 года в №28 АиФ опубликовано интервью с директором НПЦ А.Г.Притыко "Не ставьте крест на детях!"

11-14 сентября 2002 года в НПЦ состоялся 4-й Международный симпозиум «Актуальные вопросы детской черепно-лицевой хирургии и нейропатологии».

30 декабря 2002 года. В этом году в НПЦ впервые в России внедрён метод немедикаментозного лечения фармакорезистентной эпилепсии (ФРЭ) - кетогенной диеты. – Количество сотрудников – 164. – Пролечен 1281 пациент.

29 июля 2004 года. Июль. Подписан Акт приёмки здания НПЦ.  

4 августа 2003 года. Распоряжение Правительства Москвы № 1393-РП «О строительстве жилого дома для сотрудников Научно-практического центра (НПЦ) медицинской помощи детям с пороками развития черепно-лицевой области и врожденными заболеваниями нервной системы на территории НПЦ»

4 сентября 1995  года состоялось открытие Научно-практического центра медицинской помощи детям по адресу Можайское шоссе, дом 6