Создание в структуре НПЦ медицинской помощи детям Центра долечивания стало естественным продолжением развития спектра оказываемых медицинских услуг.
С 1995 года в НПЦ медпомощи детям действовало отделение психоневрологии на 30 коек, уже в 2004 году было создано два отделения психоневрологии (старшего возраста – на 30 коек и младшего возраста – на 30 коек), где по сегодняшний день получают лечение дети с эпилепсией, ДЦП, постинсультные пациенты, пациенты после нейрохирургических операций, спинальные пациенты, пациенты с ДЦП, после дорзальных ризотомий.
В 2008 году были открыты 5 ортопедических коек, где проводятся операции на позвоночнике у пациентов с ДЦП и реконструктивные операции.
В 2009 году было открыто онкологическое отделение, которое в 2012 году вошло в состав отдела онкологии, реабилитации и паллиативной помощи. В отделении проходят лечение дети со злокачественными новообразованиями опорно-двигательного аппарата после эндопротезирования крупных суставов, с опухолями торакоабдомнальной области (нефробластомы, нейробластомы, опухоли печени), с опухолями ЦНС, головы и шеи, дети с экзартикуляцией и ампутацией конечностей с последующим протезированием.
Все эти дети нуждаются в длительном, последовательном долечивании, восстановлении утраченных навыков и дальнейшей социализации. В связи с этим, руководство НПЦ приняло решение о создании в структуре НПЦ специализированного Центра долечивания, который станет основным звеном  для детей, прошедших лечение в НПЦ медпомощи детям.

1. В 2012 году закончены проектные работы по реконструкции и капитальному ремонту Филиала №1 НПЦ медпомощи детям.
2. 31 июля 2013 года завершены работы по капитальному ремонту и реконструкции здания Филиала №1 НПЦ медпомощи детям.
3. В течение 2013-2014 годов проведены и полностью завершены работы по проектированию организационной структуры, штатного расписания, медицинских продуктов, структуры оснащения Филиала №1 медицинским оборудованием. Проведено частичное оснащение Центра медицинской мебелью и медицинским оборудованием.
4. В мае 2014 года закончены работы по проектированию систем наружного теплоснабжения.
5. В сентябре 2014 года начаты работы по перекладке наружных сетей теплоснабжения.