ГБУЗ “Научно-практический центр специализированной медицинской помощи детям имени В.Ф. Войно-Ясенецкого Департамента здравоохранения города Москвы” был создан в 1995 году путем реорганизации ДГБ № 41 г. Москвы. В течение 9 лет Центр базировался в старом здании на Можайском шоссе, дом 6. С сентября 2004 года НПЦ медицинской помощи детям функционирует по новому адресу ул. Авиаторов, дом 38.

Здание НПЦ специализированной медицинской помощи детям представляет собой современное сооружение, отличающееся как уникальным архитектурным решением, так и высокотехнологичным медицинским оснащением, позволяющим существенно расширить лечебно-диагностические возможности Научно-практического центра по оказанию помощи больным детям с различной патологией. В атриуме, который соединяет два корпуса, расположен зимний сад, огромный аквариум с экзотическими видами рыб. Здесь проходят всевозможные праздники и концерты, перед детьми и родителями выступают клоуны, артисты эстрады, их сверстники из детских творческих коллективов Москвы.
НПЦ специализированной медицинской помощи детям является государственным учреждением здравоохранения и оказывает специализированную медицинскую помощь детям в возрасте от первых дней жизни до 18 лет по следующим направлениям: хирургическое и комплексное реабилитационное лечение врожденных пороков развития и приобретенных деформаций черепно-челюстно-лицевой области, а также опорно-двигательного аппарата; комплексное лечение всех видов злокачественных и доброкачественных опухолей; хирургическое и реабилитационное лечение врождённых пороков развития центральной нервной системы; лечение врожденной и приобретенной тугоухости; лечение заболеваний сетчатки у новорожденных и грудных детей; комплексная терапия всех видов судорожных состояний, в том числе устойчивых к стандартному лекарственному лечению. Стационар Центра рассчитан на 285 коек.

В сентябре 2012 года в структуре НПЦ специальной медицинской помощи детям появилось новое подразделение: Консультативно-диагностический центр на улице Авиаторов, 22.